Le terme "algue" est souvent employé de manière générique. Il désigne en réalité différentes lignées végétales, qui se sont développées séparément les unes des autres. Il existe autant de différences génétiques entre les algues vertes et les algues brunes qu’entre les hommes et les insectes !
Il existe un groupe d'organismes photosynthétiques classés maintenant dans le règne des bactéries
- Les Algues Bleues, sont en fait des bactéries photosynthétiques de couleur bleu-vert. Ce sont les Cyanobactéries (dont fait partie la Spiruline). Arrivés il y a environ 3,7 milliards d'années, ce sont les premiers organismes à avoir produit de l'oxygène et, par voie de conséquence, à avoir donné naissance à un début de couche d'ozone.
et trois grands groupes d'algues :
- Les Algues Rouges ou Rodophytes apparues il y a environ 1,7 milliard d'années.
- Les Algues Vertes ou Chlorophytes apparues il y a environ 1,3 milliard d'années.
- Les Algues Brunes ou Phaeophyceae les dernières à être apparues il y a environ 1,1 milliard d'années.